論文用のepsファイルの作り方です。
もっと良い方法もあるかも。

まず.gpファイルを作ります。
———filename.gp———
set terminal epslatex standalone font ‘,14’
set output “filename.tex”
set xrange x軸の範囲
set yrange y軸の範囲
set xlabel ‘$x軸の名前$’
set ylabel ‘$y軸の名前$’
p “data.dat” u 使うデータ列 w l lw ライン幅 t ‘$凡例名$’,\
“data2.dat” u 使うデータ列 w l lw ライン幅 t ‘$凡例名$’
quit
——————————
のような感じ。
ポイントはepslatexのstandaloneモードで生成されるpdfの大きさを図と同じサイズにしていることやfontサイズを14にしていることでしょうか?
デフォルトではフォントサイズが小さすぎます。
同様にライン幅は5程度(lw 5)、ポイントサイズは2程度(ps 2)などがおすすめです。
なおepslatexでは’$…$’の中でtexのコマンドを用いることができます。
フォントもtexと同じで統一感がでます。
これをgnuplotに読ませます。

$ gnuplot filename.gp

すると、filename.texとfilename-inc.epsという二つのファイルが生成されます。
filename-inc.epsには凡例や目盛の数値を抜いてデータのみがプロットされたものが出力されています。
filename.texがそれらを図に追加する役割を担うわけです。
さて、platexでコンパイルします。

$ platex filename.tex

tex関連の諸々が出力されます。
次にdviファイルからepsファイルへの変換を行います。

$ dvips filename.dvi -o filename.eps

これでfilename.epsが出来上がります。