gnuplotはdatファイルなどのデータをplot “hoge.dat”のようにして描画することができるのですが、数値を引き抜いてきて処理をかましてから描画するのは結構苦手です。

例えばhoge.datの2行3列目にある要素(2,3)を変数hoge23に格納したい場合どうすればよいのか。
これは以下のようにstatsを使うと力技で実行することができます。

stats “hoge.dat” using 3 every ::1::1
hoge23=STATS_mean

stats はデータの統計情報を解析するコマンドです。
using k によりk列目のデータを使うことを指定。
every はデータを飛ばして読み取る(プロットする)オプションです。
::i::j とすれば(i+1)行目から(j+1)行目まで読み取ります。
(i行目からj行目ではないので注意)
最後は適当な変数に代入して終わりです。
別にSTATS_meanである必要はなくてSTATS_maxとかでも良いです。
状況に合わせてどうぞ。

statsは行うたびにstatsの変数を上書きしてしまうので、取り出したい変数の数だけこれを繰り返す必要があります。
もっと良い方法があれば良いのですが今のところこれが最善かと思われます。